Với cương vị Phụ chính đại thần, ông đã nắm vai trò quyết định trong triều đình nhà Nguyễn suốt thời gian dài, đặc biệt là cuộc khởi nghĩa Cần Vương, điểm đỉnh là sự kiện thất thủ kinh đô ngày 23/5 Ất Dậu (1885). Trước đây, ông bị coi là "tội đồ thiên cổ", bị liệt vào nhóm chủ hòa, đầu hàng giặc Pháp...

   Nhờ không khí đổi mới của đất nước, những năm gần đây, giới sử học Việt Nam đã bắt tay vào việc đánh giá, xác định độ chân thực của lịch sử nhằm gỡ bỏ "vòng kim cô" oan nghiệt trên đầu Nguyễn Văn Tường. Có những hội thảo khoa học được tổ chức: Nhóm chủ chiến triều đình Huế và Nguyễn Văn Tường (ĐHSP TP.Hồ Chí Minh chủ trì 1996), Nhân vật Nguyễn Văn Tường (Viện Đại học Huế chủ trì 7/2002), Thông báo những nghiên cứu và sử liệu về nhân vật Nguyễn Văn Tường trong phong trào Cần Vương (Hội KHLSVN tổ chức tại Hà Nội 11/2003).

   Nhà nghiên cứu Trần Xuân An từ nhiều năm đã rà soát, thu thập nhiều tư liệu cổ, tư liệu gốc... biên soạn 3 tập sách và chủ biên 1 tập nghiên cứu (gồm nhiều tác giả) về đề tài này gồm: Phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường (NXB Văn nghệ TP.HCM, 2004), Nguyễn Văn Tường một người trung nghĩa (NXB Thanh niên, 2006), Tiểu sử biên niên Phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường, Kẻ thù không đội trời chung của chủ nghĩa thực dân (NXB Thanh niên 2006), Nguyễn Văn  Tường, thơ, vài nét về con người, tâm hồn, tư tưởng (sắp xuất bản).

   Trước đây, Nguyễn Văn Tường bị qui chụp rất nặng nề là chủ hòa, đầu hàng giặc Pháp, trong đó phải kể đến Việt Nam vong quốc sử của Phan Bội Châu, Việt Nam sử lược của Trần Trọng Kim và Đại nam thực lục chính biên quyển 36, 37, 38 (được viết dưới thời Đồng Khánh)...

   Bằng những luận chứng và tư liệu gốc cụ thể, Trần Xuân An đã giải thích, làm sáng tỏ hành vi của Nguyễn Văn Tường trong sự kiện thất thủ kinh đô (23/5 Ất Dậu- 1885) khi ông ở lại Huế trong khi Tôn Thất Thuyết phò vua Hàm Nghi lên Tân Sở. Đó không phải là sự đầu hàng, là phản bội phong trào Cần Vương mà là sự sắp xếp, phân công "kẻ ở, người đi" nằm trong kế hoạch từ trước của các thủ lĩnh phong trào yêu nước. Mật dụ của vua Hàm Nghi gởi cho Nguyễn Văn Tường từ căn cứ Tân Sở cho thấy việc ở lại Huế của quan Phụ chính là thực hiện kế hoạch "vừa đánh, vừa đàm". Nhiệm vụ của Nguyễn Văn Tường còn nặng nề hơn, bởi đó là cách ngăn chặn sự truy kích của giặc Pháp và nhất là ổn định tình hình lộn xộn của kinh đô Huế khi triều đình để trống ngai vàng. Làm sao gọi Nguyễn Văn Tường là chủ hòa, tay sai cho Pháp được?

   Những tư liệu gốc đã chứng minh rằng: Việc lập hệ thống căn cứ Tân Sở ở Cam Lộ, Quảng Trị và Sơn phòng ở Quảng Bình, Hà Tĩnh là chủ ý của Nguyễn Văn Tường đã chuẩn bị từ trước (do có nhiều năm ông làm quan cai quản vùng này nên rất rành về địa thế).

   Chính trong thư từ, báo cáo của quan lại Pháp đều xếp Nguyễn Văn Tường đứng đầu trong danh sách chủ chiến (gồm Tôn Thất Thuyết, Trương Văn Để, Trần Xuân Soạn, Ông Ích Khiêm) và một sự thật hiển nhiên minh chứng cho lòng yêu nước của bậc danh thần Nguyễn Văn Tường là thực dân Pháp đặt ông vào đối tượng là kẻ thù không đội trời chung, là kẻ thù đáng sợ nhất, đã  đày ông đến Côn Đảo, rồi chưa yên tâm phải đày ông tới đảo Tahiti xa tít ở châu Mỹ La tinh.

   Bám sát vào tiểu sử và hành trạng của quan Phụ chính Nguyễn Văn Tường, nhà nghiên cứu Trần Xuân An còn phát hiện và chứng minh những khía cạnh, công lao của Nguyễn Văn Tường về nhiều mặt: Ý thức canh tân đất nước, khai hoang canh tác, quan điểm nhân trị, đức trị đi đôi với việc tăng cường quân đội...

Với tập truyện ký Phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường, Trần Xuân An đã khắc họa lại nhân vật Nguyễn Văn Tường bằng một hình tượng văn học đúng nghĩa. Cách viết truyện ký của tác giả luôn trung thành với tư liệu lịch sử, bám sát hiện thực nhằm xây dựng một nhân vật tồn tại như tự bản thân vốn có trên bối cảnh lịch sử Việt Nam nửa cuối thế kỷ 19. Không những thế, tác giả còn đi sâu vào phần trước tác của bậc danh thần. Văn tức là người. Thơ ca của Nguyễn Văn Tường để lại thể hiện tâm tư, tình cảm, những thao thức dằn vặt với vận nước, một lòng trung thành với phong trào Cần Vương và đất nước.

   Nhà sử học Dương Trung Quốc, thay mặt Hội KHLSVN, khi giám định cuốn sách Phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường đã nhấn mạnh: Giới sử học đã đạt tới sự đồng thuận cao trong quan điểm đánh giá Phụ chính đại thần Nguyễn Văn Tường là người yêu nước, hoạt động trong phong trào Cần Vương vũ trang chống Pháp.